作为陈冠中为数不多的长篇小说，《北京零公里》通过将北京的过去与现实串联，穿插神秘其中，展现给读者一个不一样的北京。这是一本历史小说，也是一本短篇食谱，还有一个故事会一样的奇闻轶事，同时，也是一本纪念文。
小说总体分为三个部分：内篇，外篇以及秘篇。三个部分相互独立，又相互关联。
内篇是整本书占据篇幅最多，也是让人读起来或觉得有趣，或觉得昏昏欲睡部分。这里集中讲述了一座处于“活货哪吒城”的北京。主人公是一个历史学家，他在一九八九年的六四运动中不小心中弹身亡，而掉入到活货哪吒城。这里简单说一下，所谓的“活货”即非正常死亡者的灵魂，他会因为记住他的人数而保持活跃度（这个规则与电影Coco的设定一样）。“哪吒城”就是所谓的阴曹地府了。这部小说的前半段，可以当作是一部北京版本的Coco来阅读，只是可惜的是，哪吒城的活货可以收到来自阳间的思念和物品，却无法回到阳间与活着的人欢歌载舞。
内篇的基础设定的况下，主人公亚芒奔着历史学家的本性，追溯到了文天祥可能是活在哪吒城最久的活货。于是陈冠中开始以这个历史基础点开始一点点讲述着关于北京的历史，直到图书完稿的时间。这种地域史加上参杂一些野史文料，开始阐述着北京的古今，发表历史学家，同时也是作者的历史观点和对部分野史的说法。所谓的借古烁今的手段，有些类似《聊斋志异》，不过蒲松龄借的是妖魔鬼怪，而陈冠中，则直接让历史事件的参与者说出。占据书中接近50%的篇幅的内篇，就是一部北京地域的历史。
相比于内篇的学究气，外篇把故事的主线拉回来到人间。人间的故事说明了为什么余亚芒会去到哪吒城。人间的故事以余亚芒的哥哥余思芒开始说起。这是一个美食家。在这个外篇部分，陈冠中开始了他“点菜谱”的功力，将中国的大江南北的菜谱都说了一遍，并且引经据典说为什么这些东西能够成为馋人文人的爱好，当然也还有一些人万劫之后选择美食而不再是现实。
余思芒生于混乱年代，母亲生产的时候死了。思芒吃百家饭长大，可是年幼时的艰苦让他长大之后开始对食物有不同寻常的嗜好。作为一个“愤青”，余思芒从改开接触到了许多的新思想新思潮，而他无处展示自己的思想进步，总是对着自己的弟弟余亚芒进行高谈阔论，进行反学校教育的“洗脑”。余亚芒也是在这种不喜欢的熏陶下成为了活货哪吒城的历史学家。
作为本书中最为核心的两兄弟，余思芒的建立是立体的，他本身就是一座北京城。他生于混乱年代，经历了几乎所有的北京的重大事件，八九六四就是其中之一，也是一次让他彻底改变人生。
与很多民主斗士不一样的是，余思芒并不是想要争取自由才走上街头。他似乎就是很多爱看热闹的人一样，说服继母，带着自己的弟弟走上了街头，仅仅是为了看看到底怎样了。就是这么一走出来，弟弟就被枪击致死。从那以后，余思芒开始了回避现实的生活，开始独居，开始颓废，不知道生存的意义。而后，在书店碰到了一本美食的书籍，几乎是救命的灵丹，将他从颓废中拯救，也将他从一个人变成了美食家。
不知道陈冠中是否有意安排如此一个人彰显八九之后的北京的普通市民，经历过了风雨和抗争之后，一时之间，不知道何去何从。那些京味的美食已经变了样，那些道德与革命精神已经开始动摇，以至于，人们开始逃离现实，走向自我的独处空间，没有外界，没有集体。慢慢的，生活还是要继续的。那些不能再谈的“愤青”精神，无处寄托的乌托邦，开始投射到美食之上，开始进入了新时代的轨道，成为了一种新的生活方式。即便对过去有所祭奠，也不过只能放一根香烟在当年的地点，甚至不能说出他祭奠的人的名字。
从内篇到外篇，从阴间到阳间；从外篇到秘篇，就从阳间走向了“故事会”一般的奇闻轶事了。秘篇讲述的一个毛泽东大脑的研究的故事。浅游北京的日子，并没有在街头巷尾听过这个故事，倒是陈冠中不知道从哪里听来了这么一个故事，并且撰写得有条有理。在这篇内容中，陈冠中描述了关于大脑研究的来龙去脉，以及最后守护这个秘密的人只能自杀身亡来作为结局。
这个充满荒诞和凄凉的故事中，毛式革命主义究竟是灭亡了还是正因为毛式主义正行其道所以才不需要复活毛泽东，我们不得而知。陈冠中安排了华国锋的放心办和邓小平的X办来处理这些事情，演绎了党内斗争的八卦，将一些历史的细节做了一些有趣的解读。只是可惜，陈冠中没有办法让毛泽东复活，而是选择用挖掘机让那个地方夷为平地，高楼四起。守护毛泽东大脑的人，与外界隔绝，不知魏晋，甚至用生命来守护这个虚幻的未来，至死也期待着革命年代的回来。只是可惜，他等来了另一个革命。无论何时，革命年代，理想和生命一样，毫无价值。
陈冠中对北京的描述和北京的故事的描述，一如之前的短篇一样，展示一个充满理想主义和现实荒诞的北京。我们不得而知，历史飘零中的理想主义，什么时候会成为荒诞现实的一部分，亦或者，现实的荒诞本就是一场理想主义革命。
